哈尔滨工程大学企业创新研究所2005年11月经学校批准成立，2006年获批黑龙江省高校人文社会科学重点研究基地，2015年获批哈尔滨工程大学“兴海”学术团队。

研究所现有研究人员13人，其中教授5人，副教授5人，讲师3人，博士生导师6人，硕士生导师5人。

研究所主要研究方向为区域创新系统、企业技术创新与成长、知识管理理论与方法和国防科技工业创新管理等。

研究所共主持国家级科研项目16项，其中国家级重点项目1项，国家级面上项目、一般项目、青年项目15项，主持省部级项目40余项；在国内外重要期刊发表学术论文400余篇；获得省部级科研奖励11项，其中一等奖4项、二等奖5项、三等奖3项；出版著作20余部。